Если речь об оформлении из-за пределов Японии, то Ваши документы на СОЕ подаёт японский гарант: школа, университет, работодатель. То есть обращаетесь в соответствующую организацию (школа, университет, компания) с заявлением, собираете и предоставляете документы.