Это не значит что они легально находятся в стране. Это значит что он может находится, на время рассмотрения, но так как по факту попал нелегально, при отрицательном решении будет нелегал.
Пример с Турцией. Я оформлял икамет, на время рассмотрения я мог официально находится в стране, но если выезжал до решения и после окончания без виза, я нарушал миграционное законодательство. То есть нелегал. Ну я так и сделал, заплатил штраф тысяч 10 рублей, запрет на въезд не поставили к счастью