По распоряжению нашего Россельхознадзора - нужно. На практике спрашивают редко. Может спросить Аэрофлот при регистрации, ибо это требование нашего Россельхознадзора. Учитывая, что вопрос решается легко и просто - не вижу проблемы, ветклиник много, в любую заходите и ставите. Нужно это, если отсутствовали в РФ более 90 дней, или если животное приобретено за пределами РФ.
Я думаю, что они просто не поняли, что вам нужно. Вам не нужен "сертификат", вам нужен типичный прием врача, простой осмотр, на основании которого будет поставлен штамп в сам паспорт "животное клинически здорово" Могу отправить образец в личку. Просто покажите в клинике, что вам нужно.