ну на 100 проц не знаю какие правила в Малайзии, но вообще да, если у вас в международном сертификате, который вы в Москве оформляете на вывоз прописаны все страны транзитные, то вам ничего больше проходить не надо, кроме точки вылета первого и пункта назначения