Здравствуйте, подскажите пожалуйста вдруг кто летал так или может быть знает, можно ли из Пхукета улететь в Сингапур по одному паспорту куда соответственно сделать визу,а вылететь из Сингапура обратно с пустым паспортом?🤝✌️

Нет нельзя так делать, вылететь можете только по паспорту по которому влетели или со справкой об его утрате.

Можно тогда через Малайзию так например получается? Пхукет Малайзия,от туда уже с новым паспортом в Сингапур и виза в новый?

Как так? При чем тут Малайзия и правила пересечения границ. Это относится ко всем странам. У вас два паспорта - паспорт А и паспорт Б. Вы въезжаете в Сингапур с паспортом А и должны вылететь с паспортом А. При этом влететь в другую страну куда вы летите из Сингапура вы можете по паспорту Б. Тоже самое и с Малайзией.