А вообще, много раз выезжать - может боком вылезти при гражданстве (раньше можно было отсутствовать не более 3 месяцев в году, а теперь не более 6, но если въездов/выездов слишком много по факту, то в гражданстве могут отказать).

То есть туда сюда мотаться по личным делам, при этом соблюдая сроки по 6 месяцев, все равно опасно)?
А на основании чего отказать могут? Ведь общий срок будет соблюден же.

На том основании, что для гражданства нужно проживать продолжающееся время (непрерывно) - residencia legal y continuada.
Т.е. мотивируют отказы в таких случаях как раз тем, что residencia continuada нет при частых и (или) длительных выездах (причём тут уже критерий не за пределы ЕС, а именно Испании). Советуют не более, чем на 3 месяца суммарно выезжать в год.
ПМЖ останется при этом, я говорю именно о реквизитах для гражданства.

А если у меня работа предполагает 50% командировок за пределами Испании: пополам внутри ЕС и вне ЕС, как получить гражданство?

Выбирать: или работа или гражданство (или второй паспорт)

Могут придраться. Лучше их соблюдать.