Вообще-то, в Питере обычно всегда забирают. И это резидентские визы D. Надеюсь, Вы в курсе, что при подаче, к примеру, на простые туристические визы Великобритании и США тоже забирают паспорта?.. И потом присылают - с визой ли, без неё ли...
Это здорово, если предоставили выбор. Мы говорим о том, что в огромном количестве случаев паспорт сдаётся по умолчанию и получается только после принятия решения Консульством. И ничего, как-то живём
Для сравнения: в Тель-Авиве хотели паспорта оставить у себя на время рассмотрения, но отдали без расписки по устной просьбе со ссылкой на планы попутешествовать в ближайшее время. Правда, там и срок рассмотрения обещали порядка одного месяца, в реальности рассмотрели за две недели