Может у вас другой порядок сроков, не знаю уж как это тут устроено - централизовано или нет. Мне вообще NIE вписали в полиции в бланк уведомления о прибытии, а оно нигде "не пробивается" в госорганах. Что-то забыли отметить в базе, наверное.
Похоже, что с Nie всё нормально. Как вариант, можно попробовать сходить в комиссариат, с бумагой о въезде, попросить у них certificado de Nie. Вы же при загрузке заявки Nie, присвоенный Вам в полиции, указывали? Просто, чтобы не получилось, что в миграционной службе Вам присвоят ещё один Nie….