У меня на Windows стоит 2 сертификата. Проблем никаких нет. Просто при входе по сертификату появляется список всех установленных сертификатов и надо выбрать нужный. И всё.
A
Aleks-es
Потом, когда будет всё установлено, то если использовал один сертификат, и хочешь зайти на сайт под другим сертификатом, то недостаточно выйти на сайте из личного кабинета, нужно полностью закрыть все окна этого браузера