Это вполне нормально, например, никто не запрещает летать в страну назначения с пересадкой через другую страну. И "правила первого въезда" никогда не существовало.
Другое дело, что визу вы получали под конкретный план поездки в конкретную страну (обещая, что Испания будет страной основного назначения).
И у пограничников могут возникать вопросы, на которые лучше иметь заранее подготовленные ответы.
И сотрудники каких-то авиакомпаний в конкретных местах могут перестраховываться, но это зависит от маршрута.