Раз Вы сдали отпечатки, значит, у Вас уже есть продление Вашей резиденции/эстансии. Отпечатки же сдаются на основании резолюции. Возьмите с собой резолюцию и ресгуардо о сдаче отпечатков. Этого должно быть достаточно при перелётах внутри Испании, если спросят. Вы же легально здесь находитесь.
В другом чате был кейс: девушка летела на острова, шенгенская виза давно истекла (была подача на стартап), проверили документы перед посадкой, возникли вопросы, она показала бумагу о том, что подана апелляция, это их устроило.