Интересно, если выезжаешь из ЕС, они видят в системе а не паспорте когда въехал и куда? В том смысле если выезжать по другому паспорту - вопросы будут а как въехал?
На шенгенском уровне пока не видят в системе:https://travel-europe.europa.eu/ees_en Сморят печати, если катаетесь по визе или безвизу. Если печати не въезд нет, то при выезде в принципе действует презумпция нарушения сроков со всеми вытекающими из этого в данной стране, но могут принять разные другие документы - посадочные талоны на въезд в Шенген, например.
С того, что обязанность заявителя подтвердить свое легальное нахождение положенный для продления внж срок. Под "принципом виновности" в контексте подразумевается, что отсутствие какого-либо штампа будет трактовано эстранхерией не в пользу заявителя. Т.к. доподлинно неизвестна дата въезда/выезда, то за неизвестную дату будет взята самая неприятная для заявителя, что легко может привезти к ситуации, что по паспорту человека, например, не было 7 мес, а не всего 2. Что может поставить под вопрос продление внж и одобрение пмж из-за нарушения ценза оседлости. Никаких специальных наказаний, банов, штрафов и т.п. за отсутствие пограничных штампов не предусмотрено.