Доброе утро! Пожалуйста, подскажите , составные маршруты можно без проблем через агрегатов(Авиас и итд) покупать? Если, например, на сайте авиакомпании нет такой опции составного маршрута, предлагает только раздельно

Если на сайте а/к нет билета/маршрута, значит его нет, а то что показывает агрегатор это такие же "отдельные билеты", и никакого смысла в покупке через агента нет.
Смысл в покупке через агента бывает лишь когда нужен невозвратный тариф, и он предлагается агентом чуть дешевле, как это порой на том же https://www.google.com/travel/flights

Просто через сайт авиакомпании если покупать раздельно они намного дороже, чем составной маршрут, который предлагает агрегатор, в чем здесь может быть загвоздка?

Что вы подразумеваете под составным маршрутом?

В том что ценник у агрегатора не обновился и показывает тариф, которого уже нет. При попытке оформить выдаст отсутствие мест по тарифу и перерасчёт, а если ручное оформление у агента, то будет висеть .. часов после оплаты, затем аналогичное сообщение в стиле "а/к не подтвердила наличие мест на рейсе".
"Составной маршрут" это не более чем инструмент для прикидки стыковок отдельных билетов. Если самих билетов по конкретному тарифу уже нет на сайте а/к, то никакой агрегатор их не оформит никаким составным маршрутом.

Очень примерно: москва-баку баку-мадрид

Все понятно:( спасибо

Какие авиакомпании?

Может и не быть подводных камней. Брал Пегасус СПб- -Мадрид через агрегатора. Сама а/к такую стыковку не даёт.... Может быть потому что остановка более 12 часов Получил единый номер брони от Пегасус на оба рейса. Стоимость дешевле, чем брать напрямую у перевозчика двумя отдельными билетами.

Посмотрите на сайте Пегасуса нужна онлайн регистрация? Мы тоже покупали через третью компанию и попали на штраф на Wizzair. И уже взлетая судорожно регистрировались онлайн на Rainair.

У Wizzair и Ryanair онлайн регистрация нужна, иначе придется оплачивать в аэропорту

При покупке через агрегатор прилетает номер бронирования Пегасус. Далее в приложении Пегасус делаем онлайн регистрацию. Если в РФ , то можно зарегистрироваться на стройке в аэропорту. В Стамбуле можно в автомате в аэропорту, если хотите бумажный посадочный или сдать багаж. В Питере посадочный дали только на один сегмент до Стамбула. А так вообще всегда делаю онлайн регистрацию.