В запросе просят подтвердить договором, инвойсами, выпиской со счета ип факт сотрудничества с клиентом. Тотесть если предоставить это, организация перестанет быть абстрактной.
На текущий момент они видят счет физ лица на который приходят деньги самому себе. Также видят выписку налоговой о доходах, уплате налогов и отсутствии задолженности перед бюджетом.

да... а потом (1) Вы им покажете ИП, например, чтобы они проверили, закрыли ли Вы его. Вот так, наверное, делать не надо. Попытка отбрехаться как-нибудь, что договора не было, была работа по инвойсам, может привести к тому, что они попросят инвойс и там будет ИП и тогда возврат к (1).
Что-то нет больше идей. Помощь зала надо брать. )