Что будет.. если не условное аликанте, где любое продолжение учёбы это "продление", то с высокой вероятностью отказ, т.к. нет запаса в 30 суток легального нахождения в Испании, они обязательны для любой первичной подаче по учёбе.
Соот нет смысла терять время,
1. проще выехать и подать заново на визу D по учёбе в универе, чем получить обоснованный отказ с предписанием уехать когда начнётся полноценная учёба. Либо
2. подавать документы в последних числах июня, поторопив универ с матрикулой. Либо
3. Подать доки без матрикулы в конце июня, загрузив вместо нее то что есть + обещание догрузить матрикулу в течении условной недели-двух, но это может и не прокатить - при отсутствии основных документов есть все основания отказать в принятии заявления и возврат к п.1