Добрый день! Подскажите, имея ВНЖ nolukrativa я не имею права работать. А могу ли я открывать юр.лицо и быть в нем учредителем и директором или ИП?

Можете быть владельцем. Администратором юрлица должен быть человек с правом на работу. ИП (autónomo) быть не можете.
Логика по-моему простая: владеть можете, работать не можете.

Смысл в том что я не буду обременять налоговую систему Испании, а как раз сама буду организовывать свои налоги. Это касается только Испании или в любой стране ЕС могу быть владельцем юр.лица?

Никак не отменяет того, что для работы нужно иметь право на работу. Т.е. соответствующий тип резиденции, no lucrativa не подходит.
Про другие страны ЕС не знаю.

Смысл не в том кто и как будет организовать налоги.
Учредить испанское юр.лицо можно будучи нерезидентом, даже не находясь в Испании.
По сути это не имеет никакого отношения к миграционному статусу учредителя, или составу учредителей. И юр лицо будет отчитываться перед налоговой и SS независимо от статуса учредителя.