Слышала много раз про такое, вот и мужу повезло, у него был ние, а при выдачи студ эстансии присвоили новый. прописка по старому, в базе другой теперь получается. И что делать?

Исправлять. Нужно было при подаче на студ estancia nie то приложить, и в анкете указать, было бы все ок

Как?

В общем порядке. Взять ситу на присвоение nie, придти в полисию, обрисовать ситуацию с задвоением номера nie, один попросить удалить. У нас эстранхерия это делает без особых проблем, в каждом регионе может чуть отличаться, но суть что нужен человек с доступом и правами.
В целом если nie был/есть, его обязательно указывать везде - в любом заявлении/документе. Во избежание разночтений.