Можно, для подачи на резиденцию по стартапу вы просто должны легально находиться в Испании.
Так что податься должны именно пока текущая резиденция действует.
Но если рассмотрение будет, пока у вас еще действует учебная резиденция, мооожет быть будет дозапрос на обязательство отказаться от нее в случае одобрения.