Если получаете визу D в Консульстве, то они с большой долей вероятности зачеркнут испанский шенген. Если шенген стоит не испанский, то могут отправить в консульство, которое его выдало для аннулирования. А могут ничего не сделать. просто вклеить.
Если получать студ.эстансию в Испании, то они, вроде как имеющиеся шенгенские визы не трогают, так как нет процесса вклеивания визы.