И если вы не можете подаваться как семья, то...придется подаваться отдельно

думал свидетельство о браке является подтверждением того что мы семья , а не рвп или внж кого либо в стране проижвания

Является, но не дает право на подачу
Вам, безусловно стоит это уточнить в консульстве в Астане. Но если ваш брак зарегистрирован официально, я бы настоятельно советовал вашей супруге оформить ВНЖ и затем податься в РК на законных основаниях. Если есть возможность НЕ подаваться в России - ее стоит использовать, поверьте

Я вас понял хорошо