Так они могут спросить, а источник этих денег?
Казахский банк - ок
А откуда деньги сами взялись?
А взялись они, к примеру, от продали квартиры в РФ

Во-первых у вас сами казахи при приеме денег спросят откуда они. Да. Нужно будет ДКП на квартиру им сканить, затем показывать выписку из банка что эти деньги этой суммой к вам поступили, и затем эта сумма (ну может быть уже чуть чуть иная) поступает в Казахстан.

Ну и при перетаскивании денег из Казахстана также весь путь денег вы должны показать.

И как на это в Словении отреагируют, на доходы, полученные из РФ?

Где конкретно в Словении? Не поняла вопрос. Когда вы расплачиваетесь казахской карточкой в баре - кассиру не важно откуда деньги )

Дочитала вверх до вашего первоначального вопроса.
Там вы не уточняете на каком основании вы собираетесь делать ВНЖ.
Это важно.
Например если вы делаете внж по работе, то ваши доходы в рф никого не интересуют.

В изначальном вопросе было про зарплату самозанятого, так что речь идёт не о сильно большой сумме, я так понимаю. До $5000 казахи не требуют подтверждения происхождения средств.