Я тоже в Братиславу так летал. Прилетел в Вену, прошел контроль и вышел в город. Дальше на автобусе в Братиславу, но там документы уже никто не смотрел. Вы обязаны жить в стране которая у вас в визе Д в строке "valid for", но въезжать можно через Вену. Единственное что, я в заявлении на визу Д сразу указал посольству, что я буду заезжать через Вену.