Единого посольства ЕС на весь Шенген нет =)
Если разные поездки с большим гэпом по времени - то, да, две подачи, в Испанию отдельно, во Францию отдельно.
Если есть идея за одну поездку, не выезжая из зоны Шенгена, посетить и Францию, и Испанию, то можно податься в страну, где планируется провести больше времени. Например, 10 дней во Франции, 5 дней в Испании - идёшь во французское консульство. 10 в Испании, 5 во Франции - идёшь в испанское