Ну не совсем так. При регистрации на рейс внутри шенгена могут проверить визу увидев российский паспорт. Но если багаж сдавать не нужно - то и регистрация в аэропорту не нужна (онлайн всё делается). И если в шенгене легально находишься - то на это тоже пофиг.