при покупке, как проверить что номер счета принадлежит владельцу квартиры?

Он не обязан ему принадлежать
Нотариус должен убедиться, что лицо, получающее деньги, на это уполномочено.
Так или иначе, имя владельца счета прописано в договоре

Т.е. если в доверенности есть, что доверенное лицо может получить деньги за владельца, то там будет стоять, что деньги будут "переведены на счёт Доверенного Лица в Название Банка: Номер счёта"
Если не уполномочен, то будет написано, что деньги будут "переведены на счёт Владельца в Название Банка: Номер счёта"
Предполагаю, что нотариус попросит у доверенного лица хоть какой-то документ, что это счёт владельца, хоть фотку карточки владельца счета или договора о счёте
По-любому банк не пропустит перевод, в котором на имя Иванова посылаются деньги Петрову.