Например, знаю кэйс, что в странах Латвии, Литвы и Эстонии транзитный перелёт если через них к финам по финскому шенгену по паспорту рф, то они разворачивают в страну вылета.

Я слабо понимаю в чем особенность именно финского шенгена. Но с ним истерий много и что регистрацию через сайт не получалось сделать

Страны Балтии + Польша, Чехия - отдельная тема, туда опасно без ВНЖ ЕС ни с каким шенгеном соваться, включая транзит, мне кажется, куда угодно. Слышал очень много кейсов, когда с русским паспортом разворачивали безотносительно дальнейших планов, даже транзит

Тут-то как раз все понятно - страны Балтии, Финляндия, Польша и Чехия просто не пускают к себе граждан РФ с туристической визой (какой бы страной она ни была выдана). И было бы понятно, почему авиакомпания отказала в регистрации. Но почему отказывается регистрировать онлайн финский шенген при полете в более-менее «нейтральную» страну - это загадка

Финны пускают, если Финляндия - транзитная страна. При возврате в РФ, а в обратном направлении - если летишь через Финку в страны не шенгенской зоны. По туристическому шенгену. Главное билеты показать и не обманывать, иначе потом аннуляция визы.