Подскажите, пожалуйста, при подаче документов в консульство РФ на визу DN загранпаспорт вместе с документами забирают?

Возможно, у кого-то был опыт подачи документов на эту визу через консульство Португалии в других странах (например, в Израиле) - там загранпаспорт с документами забирают или его потом надо принести при одобрении визы?

В РФ не забирают. Только ксерокопии всех страниц

В Анкаре можно оставить паспорт - тогда отправят вам по адресу, либо приехать вклеить визу с паспортом после одобрения.