У Вас нет разрешения на работу в Германии, правильно они отказали. Если бы работа была удаленной из НЛ на компанию в Германии, все было бы проще.
По идее, в Германии должен быть похожий вариант для трансграничного найма. Поищите у них в законах или у консультанта по Германии уточните. Может быть, найдется подобное решение.
https://ind.nl/en/residence-permits/work/cross-border-worker