Ага, то, что в ВНЖ его нет — это норма. Дело в том, что IND берет данные из BRP — а на момент печати первой карточки вас еще нет в BRP и они берут данные по вашему паспорту, где отчество не переведено, поэтому они его и не берут вообще. А потом уже, если карточку вдруг потеряете или будете продлевать — уже по данным из BRP отчество появится.
Но никаких проблем не будет и с такой карточкой, пограничники тоже в курсе, поэтому в любой конфигурации проблем не должно быть.