Друзья, а вот вопрос. Если я хочу получить второе ВНЖ (Первое страны ЕС, второе будет Нидерландов), есть ли какие-то подводные камни? Налоги? Уведомления? Отчисления? Еще что-то?

Нидерландам все равно. Уведомляете о наличии другого ВНЖ в заявке, когда указываете процедуру без MVV.
Доп. каких-то платежей не будет.

Все упирается в соблюдение условий сохранения ВНЖ обеих стран. Если условно в Испании Вам надо доказуемо прожить 183 дня, иметь прописку, страховку и пр. и в НЛ то же самое, то вторая страна может не очень лояльно отнестись к такому при продлении ВНЖ.

Так что смотрите по обстоятельствам. КМ в Нидерландах может отсутствовать около 8 месяцев в году, остальные держатели ВНЖ - только 6 мес., но центр жизненных интересов должен быть тут. И налоговое резидентство однозначно в НЛ.
Если можно организовать прописку у друзей, минимальные страховки и транзакции в банках в какой-то из стран, то будет проще. Но с налогами лучше обратиться к специалистам.

Спасибо большое за подробный ответ! Очень ценно. У меня ситуация немного не тривиальная: контракт в другой стране ЕС, а партнерка тут) И работодатель настаивает, что если я хочу работать часть времени удаленно, то мне нужно право на работу в Нидерландах.

Скажите пожалуйста, партнер КМ также может отстуствовать 8 мес в году или все же 6?

У партнеров КМов стандартные правила
https://rabotaem.nl/info/maksimalnye-sroki-otsutstviya-v-strane-vnzh/
Не больше 6 месяцев или не больше 4-ех месяцев подряд 3 года подряд

Так и КМмам можно только если отсутствие связано с профессиональной деятельностью/работой. Т.е. 8 месяцев по отпускам — нельзя. А командировки суммой до 8 месяцев — можно.