Подскажите, я правильно понимаю рулинг, он вообще даёт скидку 30% только на доход с зарплаты. Бокс 2 и 3 остаются как у всех. А подключение дополнительно ЧНРН позволяет рассматривать релоканта, как нереза по налогам бокса 2 и 3, и тогда по этим боксам оплата будет лишь в случае наличия компании, и недвижимости в Нидерландах?

Да, примерно так и есть.
Только ничего не надо подключать дополнительно для статуса неполного налогового резидента, ну то есть это не какая-то сложная процедура.