Подскажите, пожалуйста, по такой ситуации:
- человек будет подаваться в Нидерландах на verification against EU law как супруг гражданина ЕС
- действующая шенгенская виза, по которой человек находится в Нидерландах, была выдана НЕ Нидерландами, а другой страной, например, Грецией
- въезд в шенгенскую зону был осуществлен через Грецию (потом через пару дней поехал в Нидерланды)
Могут ли быть из-за визы проблемы при подаче на residence permit? Для IND имеет значение, по какой визе человек в Нидерландах?

Проблем не будет, страна, выдавшая визу, значения не имеет. Сразу на встрече дадут вклейку в паспорт, которая подтверждает легальное нахождение, даже если виза истечет.

Проблемы могут быть только если Вы подадитесь в момент, когда виза уже истекла (или 90 дней по Шенгену истекло), так как пребывание станет нелегальным. Да и то, это как бы неприятность, но не очень страшно. Проблем в другом - не будет.