Здравствуйте 🤝 в течении трех дней по прибытию в Алмату или Казахстан нужно подать заявление в иммиграционную службу? Так как до алматы добирались 3 дня с момента пересечения границы . И как регистрировать автомобиль о прибытии ? Нужно ли ?

С момента въезда пересечения границы нужно сделать уведомление о прибытии.

Скажите пожалуйста, а если человек ехал на поезде и физически никак не успел в данный срок - 3 дня?

Уведомление о пребывании иностранца подаёт не сам иностранец, а принимающая сторона (отель, хостел, собственник квартиры).
Делается это через мобильное приложение eQonaq или через сайт vmp.gov.kz

Срок подачи этого уведомления не просто 3 дня, а именно 3 рабочих дня. И отсчёт этих трёх рабочих дней идёт не от даты пересечения границы, а от даты прибытия иностранца на этот новый адрес в Казахстане.

Подача этого уведомления - это обязанность и ответственность только принимающей стороны (за неподачу отвечает только принимающая сторона, за это сначала может получить предупреждение, а потом штраф).
Подача или неподача принимающей стороной этого уведомления никак не влияет на срок легального нахождения иностранца в Казахстане.