Самый жирный мекст вроде как уже находясь в Японии не получить (хотя для магистров и аспирантов можно через универ как-то пробовать). Но вот есть статейка и с другими где есть условия https://www.studyinjapan.go.jp/en/planning/about-scholarship/
есть два способа Через посольство своей страны, но для этого нужно находится у себя в стране. И через конкретный университет. Во второй способ я не углублялся, но там нужно выйти на конкретный универ и чтобы они подали рекомендацию в министерство о выдаче вам стипендии