Как тему выбирать - думаете, какая именно сфера вам интересна, читаете исследования по ней и вокруг. В любом случае после поступления тему ещё полируют и переформулируют, но изначально она должна быть.
Если хотите гайд на русском, поищите в группе ВК (если вы там есть) monbukagakusho mext. Там где-то в темах для стажеров-исследователей (кенкюсей) было хорошо расписано, как план исследования готовить.