Но ни у кого же не возникает проблем называть Москву городом

москву называют мегаполисом

Не понял посыла этого сообщения

Это потому что для Москвы придумали хитрую структуру - она юридически одновременно область и город (город фед. значения). Но для справки, внутри Москвы также есть именно города. В моем паспорте раньше было написано: "г. Москва, г. Московский *остальной адрес*".

ну по сути это куча сросшихся городов. я не веду спор, если что, для меня не принципиально как на русском называть будут

Ну так же и Токио. Но ты же не называешь округа Москвы городами. В этом и был мой изначальный месседж: не называйте 区 городами, это вносит путаницу

Нет. Не вносит. Если ваша цель коммуницировать с людьми, особенно не только русскоговорящими, в большом кол-ве источников вы встретите именно слово Город. Если вы начнете втирать что-то про муниципалитеты, меньшее кол-во людей начнут понимать. Оно может быть и не 100% верным, но если официальные источники говорят, что это город, то гораздо больше шансов, что обмен информацией пройдет успешно.

Вы написали "Если меняется город, то да (нужно идти в две разных мэрии)". Мне кажется это вызывает путаницу, т.к. в моём понимании если я переезжаю из Сэтагаи в Синдзюку например, то город у меня не меняется, он остаётся Токио

Собственно весь разговор о том, что Сетагая и Шинджюку разные города.