У вас две разных истории, страховка и пенсия. Страховка зависит от суммы вашего дохода за прошлый год. Чем больше доход (включая байто), тем выше стоимость страховки. При нулевом доходе стоимость страховки самая дешманская.
Вторая история - пенсия. Вы как студент имеете право отказаться от ее оплаты на весь срок обучения. Это НЕ связано ни с каким доходом, это просто вас берегут как студента и всё. Раз пенсия к оплате вам пришла, вам нужно еще раз сходить в мэрию и убедиться, что вы оформили отказ от пенсии. Если он не оформлен и вы тупо не оплачиваете квитки, могут быть сложности при смене типа визы. Есть нюанс, что вроде как отказ можно оформить за последние 2 года задним числом, но миграционный адвокат не рекомендовала так делать, японцы не любят всякие там просрочки платежей, и доказать, что ты был пирожочек сложно.