если ты просто перестанешь ходить, то откуда школе знать - это просто пропуски. Приходишь в школу, объясняешь ситуацию, договариваетесь каким числом тебя выпустят, ходишь до этого числа
низкая посещаемость впрлне может служить причиной отказа. все решения принимаются на личное усмотрение иммиграционного инспектора. Могут отказать, могут давать визы не дольше года с которыми перспективы норм статуса закрыты.
Если речь не про механизм, а про то, как нужно себя вести, то 100% все должно быть максимально открыто, чтобы не казалось, что пытаются обмануть японскую сторону.