Эх, с подругой разговаривала, и ее другу гаку сказали, что можно с краткосрочной на долгосрочную перейти
(тут уже много раз видела, что нельзя, лишь в очень редких случаях, но сам факт того, что есть посредники, которые так обнадеживают - мда мда)

Им главное чтобы приехали и заплатили

Да, это поняла уже :( После рассказа подруги о её опыте убедилась

Оформление на краткосрочное и долгосрочное обучение - это два параллельных процесса.
На долгосрочное обучение нужно подать до дедлайна. Например, на старт в июле где-то до начала февраля желательно подать.
При этом параллельно подать заявку на краткосрочное обучение, например, со стартом с апреля.

После начала войны гражданам Украины и России на практике разрешают перейти с краткосрочного на долгосрочное после выдачи СОЕ, не выезжая из Японии (если школа оформляет студенту пакет необходимых документов). Всем остальным странам не разрешают. Но это только сейчас. Что будет в дальнейшем, непонятно. Решение всецело за иммиграцией. Школа гарантировать, что разрешат не выезжать из страны для оформления студвизы, на сто процентов не может. Но на практике пока разрешают. @viktoriia_holms

Спасибо за ответ!