Тогда Вам, видимо, не повезло с сотрудником, принимающим документы. Как минимум возникло недопонимание. Мы каждый год десятки человек подаем в Москве по доверенности, и сами студенты подаются в Москве, никто пока не жаловался на подобную ситуацию, хотя не мало людей работают удаленно.