не помню такого правила. не встречал в нормативных документах

Я не буду ручаться за правила и нормативы, говорю исключительно на практике — если видят в консульстве, по отметкам в загране, что владелец заграна не в РФ — заворачивают.
Может, это связано с тем, что заграницей единственным удостоверением личности, является загран, и вы околообязаны его иметь с собой, а так вы его получается отправили.

лучше все таки звонить и уточнять этот момент. так как есть и обратные примеры. если это не норматив, значит это не должно быть. произвол и негласные правила могут быть, но принимать их за истину последней инстанции не нужно.

Да, лучше позвонить и можно написать объяснительную

Ну, я просто среди примеров встречал НЕМАЛО прям с заворотом из-за обнаружения о невозвращении.
Но дальше уж хз, да, можно попробовать позвонить и т.п.

Так звонить надо до подачи, иначе выглядит как попытка скрыть и это отказ

Ясен павлик, что звонить надо до подачи. Многие просто подавались, как раз не зная, что это что-то неправильное.
(В целом, опять же, повторюсь, неправильность логична — оставаться в другой стране без единственного легитимного идентефикатора личности — плохая идея. Очень плохая. Пусть и всего на пару недель.)