Какие ограничения на ввоз валюты в японию? Где-то пишут 1000000 йен, в этом гайде https://wiki.kitsuneguide.com/ru/moving-guide $10000, суммы, мягко говоря, не равные в последнее время. Какая позиция японской таможни?

Можно поискать по чату, можно ввозить больше 1 миллиона, нужно будет в декларации об этом написать и всё (деньги никакие не заберут)
10000$ это лимит вывоза из России

Здесь не написано что ввозить можно не больше 10000$

ввозить в Японию можно до эквивалента 1 000 000 йен в любой валюте без декларирования. Можно больше, но декларировать.
Из РФ можно вывезти эквивалент 10 000 долларов в любой валюте, больше сейчас нельзя, по-моему, даже декларируя.
Ввоз в Японию и вывоз из РФ — разные действия.

Все верно, из России нельзя вывозить более 10 000$. Декларировать нельзя. Есть призрачная возможность с разрешением от ЦБ, НО!!! На сайте ЦБ ничего про это нет, так что забудьте и думайте иные способы (скорее всего оставили лазейку для избранных, а не простых смертных).
Также, рекомендую тем, кто выехал из России (по понятным причинам) в ближайшие страны, тоже проверить на то, не ввела ли ваша страна подобный лимит, а то, на сколько мне известно, например, Кыргызстан ввел ограничение на вывоз 3000$.
Но, как известно, лучше перепроверить самим и заранее, чем попасть в неприятную ситуацию уже во время вылета

Йеп, я в Кыргызстане, тут, после набега уехавших из РФ, долларов наличных не осталось, потому что они приехали, наменяли баксов и поехали с ними дальше)))
Вот и запретили вывоз больше 3000. Но их и найти наличные — целое приключение.

Если транзитом летишь через другие страны в Японию, без выхода из транзитной зоны, так же накладываются ограничения этих стран на вывоз налички?

Если без выхода, то нет
Выход из транзита = прохождение таможни, получение багажа, затем повторная его сдача, повторное прохождение таможни.