Ещё нашла пояснение, как это юридически обосновано (тлдр - зависит от того, как прописаны выходные дни в уставе компании, есть несколько терминов, и если нет "法定休日・法定外休日", то могут сами составлять календарь): https://hcm-jinjer.com/blog/kintai/legalholiday-publicholiday/#1
Ага, пропустила, пока искала. В общем, компания составляет календарь, рассылает его, и в те дни, что определены как рабочие, не выход на работу считает как прогул