Да, компании сами решают, это верно. Но компании могут и в любой выходной день сделать рабочий, если общее количество выходных дней не противоречит трудовому кодексу.
И тем не менее с точки зрения закона сделать выходной день рабочим не будет являться нарушение закона. Но у каждого есть право требовать для определённых условий от работодателя (а тот имеет право в этом отказать)
Можешь проверить у юристов при случае. Я могу скинуть закон, он только фиксирует даты, но не обязывает в эти даты не работать (иначе бы вся Япония не работала по выходным).