Нет, когда у вас CoE на руках, въездную визу в паспорт в российском консульстве россиянам вклеивают бесплатно (визовый сбор есть, если вы за рубежом подаётесь). Порядок действий такой же, как и на туристическую визу — собрать пакет документов, придти в консульство, подать документы вместе с CoE, ждать четыре рабочих дня.
На сайте консульства есть, что сбор зависит от национальности обращающегося. Ожидай что-то в районе 50-60 € максимум, если верить сайту японского МИДа. У меня знакомый подавался в Португалии на туристическую визу и какой-то сбор платил, может быть евро 20 (надо бы спросить) по его словам это было бесплатно.