Алёна
Так погодите, право на въезд (реентри) действительно, но стоит в старом загране
Я беспокоюсь не сколько за японских пограничников, сколько за посадку в самолёт — очень нетипичный случай, очень сложно будет объяснять представителям авиакомпании в аэропорту, которые будут очень хотеть не посадить на самолёт.
Лучше связаться с консульством и уточнить — как минимум для туристов у них есть услуга перестановки многократной визы в новый паспорт (не знаю, что именно они сделают в вашем случае: переставят реентри из паспорта в паспорт или вклеят новую разовую въездную визу)