Это никак не влияет на собственно визу, для Японии вы не находитесь в пределах страны, а чем вы в это время занимаетесь, их не волнует до того момента, пока вы не ввезёте полученный доход. Про отсутствие в Японии на относительно короткий период (те же пару месяцев) после окончания рабочего контракта, но с действующей дзайрю знаю примеры, когда это вообще никак негативно не повлияло на обновление визы потом, но гарантии, конечно никто не даст. Кажется, тут имеет смысл решать, что вам важнее - уехать на пару месяцев или минимализировать риски с обновлением визы.