Возможность проживания в Японии для иностранцев - не право, а привилегия, которую они предлагают на своих условиях. Как и любая другая страна. Япония не против хороших специалистов, но не нужны люди, которые не способны соблюдать стандартные для всех правила.
В любом случае процесс поиска работы и оформления документов на визу вам придется за пределами Японии. Впрочем насчет первого может как-то поможет личное присутствие, но также может вызовать вопросы, потому что лично обычно ожидают тех, кто имеет право легально находиться долгосрочно.