Стандартный кейс - ищете работу, работодатель за вас оформит все нужные доки и вам отправят COE туда где вы живете (хотя сейчас вроде электронно как-то отправляют). По нему надо подавать на визу в посольство Японии в стране где вы проживаете (т.е. где у вас гражданство или право на долгое проживание).