Когда по почте приходит открытка от них )) там написано будет, сколько заплатить и когда приходить забирать.
Чтобы заплатить - покупаете на почте марку (у меня была на 4000¥, но я так понимаю, там может быть и больше), скачиваете в интернете заявление на уплату этой пошлины, клеете туда марку, идете в миграшку, получаете карту :)